תהליך השתלת שיניים מורכב מכמה שלבים, שהעיקריים בהם הינם אלו:

1. בדיקת מבנה הפה והלסת על ידי רופא השיניים, הערכה ותכנון של הטיפול. במסגרת שלב זה בודק רופא השיניים (מומלץ כמובן שיהיה מומחה לטיפול בחניכיים - שהינו פריודונטיסט) אם המטופל הינו מועמד מתאים לביצוע השתלת שיניים, שכן השתלת שיניים עלולה להימצא כבלתי מתאימה למשל במקרים בהם מצב עצם הלסת אינו מאפשר השתלת שתלים דנטליים, או מסיבות רפואיות אחרות. בדיקת מבנה הלסת והשיניים מבוצעת בין היתר באמצעות סדרת צילומי רנטגן, ולעתים אף באמצעות CT (בין אם במרפאת שיניים או במכון מיוחד ), המעמידים בידי הרופא המטפל תמונה המאפשרת קבלת החלטות בעיניינו של המטופל.

2. ביצוע השתלת השן. השתלת השן מתבצעת במרפאת השיניים או בקליניקה הפרטית של רופא השיניים, לרוב תחת הרדמה מקומית של איזור החניכיים אליו יוחדר הבורג, שהינו החלק הראשון של השתל הדנטלי. לפני קדיחת החור עשוי רופא השיניים לשטוף את האיזור המיועד בנוזל מיוחד, על מנת להכינו באופן מייטבי לטיפול, ולצמצם סיכון של קדיחה בלתי מוצלחת. לאחר הקדיחה הראשונית, ולעתים על פני מספר טיפולים, ירחיב הרופא המטפל את איזור הקדיחה, עד אשר תתאפשר הברגה מלאה של הבורג, אל עצם הלסת.

3. לאחר הברגת השתל נהוג להלביש על הבורג מעין כיסוי, על מנת לאפשר לאיזור המטופל להחלים, עד לאיחוי של השתל והחניכיים (בתהליך הקרוי לרוב אוסאואינטגרציה). לאחר החלמת האיזור, בתהליך העשוי להימשך מספר חודשים, מסיר רופא השיניים את הכיסוי הזמני, נלקחות דגימות ומתבצעות מדידות של השתל, וזאת לשם הכנת הכתר הזמני. לאחר הרכבת הכתר הזמני יידרש להמתין עד שהחניכיים "יתעצבו" בהתאם לכתר החדש, וכאשר שלב זה מסתיים, מוחלף הכתר הזמני בכתר קבוע.